Экспозиция музея рассказывает о трехсотлетней истории города Кронштадта. Предметы быта местных жителей - купцов, морских офицеров, ремесленников и рабочих, фотографии, исторические документы, хранившиеся в семьях, как дорогие реликвии, макеты оборонительных сооружений кронштадтской крепости - все это представлено в исторических интерьерах бывшей башни городского водопровода.

Это здание было построено в 1835 году и стало одной из первых водонапорных башен России. К 300-летию Кронштадта башню отреставрировали, и с начала 90-х годов XX века в ней обосновался Исторический архитектурно-художественный музей.

В экспозиции музея представлены уникальные экспонаты: точная копия макета форта Кроншлот, выполненного самим Петром I, макеты ряжей, на которых построены все кронштадтские форты, подлинные пушечные ядра разных калибров, макет сухого Петровского дока, предназначенного для ремонта и оснастки кораблей.

В музее можно увидеть макет  острова Котлин с прилегающей частью акватории Финского залива. Посетители смогут представить себе, как разворачивались боевые действия в районе Кронштадта в XVIII - XX веках,  какую роль играл этот город в годы Великой  Отечественной войны.

Все знаменитые российские географические экспедиции начинались в Кронштадте – этот раздел представлен макетами судов,  акварелями путешественников, путевыми заметками. Не обойдена вниманием и революционная история города – документы и фотографии рассказывают о сложных и противоречивых событиях 1905, 1917, 1921 годов. Сквозь всю экспозицию красной линией проходит рассказ о людях города-острова. Это и  первые переселенцы петровской эпохи, и обыватели XIX - XX веков, и выдающиеся ученые, флотоводцы, деятели культуры и искусства, прославившие город. В их числе - святой Иоанн Кронштадтский, создатель первого в мире ледокола «Ермак» адмирал С.О. Макаров, первооткрыватели Антарктиды Ф.Ф. Беллинсгаузен и М.П. Лазарев, изобретатель радио А.С. Попов и многие другие.